En el año de 1640 dos naves portuguesas naufragaron ocasionando el cierre del canal de Bocagrande, este hecho obliga a cambiar la estrategia defensiva de Cartagena por el nuevo canal de Bocachica, por lo que se proyecta el castillo de San Luis. Este castillo debe su nombre al gobernador Luis Fernández de Córdoba quien contrata al Ing. Juan de Somovilla para que lo diseñara. Su guarnición se sacaría de los fuertes de Manga, Manzanillo y Castillogrande, construido por Juan Bautista Antonelli quien se rige a las reglas de la fortificación abaluartada. En 1689 Juan Betín le agregó una plataforma, reforzando el frente del canal. En 1697 es destrozado por Pointis. Reconstruido por Juan de Herrera y Sotomayor en 1715 con nuevas obras en la cortina del este, donde construye bóvedas para almacenes de pólvora, aljibe y cárcel, las cuales quedaron inconclusas tras el ataque de Vernon en 1741. Posteriormente este castillo fue reemplazado tácticamente por el castillo San Fernando de Bocachica.
Uso actual: museo del sitio.